粗糙表面原子提取方法_原子坐标计算粗糙度-爱代码爱编程
大家好,我是小马老师。 本文介绍使用ovito提取表面原子的方法。 在沉积、切削、涂层或者纳米压痕模拟中,可能会遇到表面粗糙度的计算。 计算表面粗糙度,需要用到表面原子的坐标,计算的一个关键技术是如果把表面的原子和其
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大家好,我是小马老师。 本文介绍使用ovito提取表面原子的方法。 在沉积、切削、涂层或者纳米压痕模拟中,可能会遇到表面粗糙度的计算。 计算表面粗糙度,需要用到表面原子的坐标,计算的一个关键技术是如果把表面的原子和其
大家好,我是小马老师。 本文介绍ovito输出高清图片的方法。 在之前的推文中,曾介绍过使用ovito 2.9版本更换Tachyon渲染器实现高清图片的输出。 这种方法在后来的ovito版本中已经不能使用,但是ovito
本文介绍ovito分析rdf的方法以及参数设置。 专栏已经介绍过多种rdf的计算方法。 如:在in文件中计算rdf: lammps案例:液体平衡态rdf计算模拟练习 编程后处理计算rdf: lammps后处理:py
在使用lammps的gpu加速的时候遇到了很多问题,这个问题看了很多论坛都没有找到好的解答,把我的情况和解决方案记录在这里,希望对大家有帮助。 一、报错情况 输入命令: haichao@node01:~/JUNJIE/test_pureMC$ mpirun -np 64 lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 1 -in pureMC3.
大家好,我是小马老师。 本文介绍ovito后处理教程系列:如何导出高清的原子结构图。 ovito一共有两个版本:免费的basic和收费的pro版本,在免费的版本中,仅包含一种图片渲染方法:OpenGL,这种方法导出的图片
大家好,我是小马老师。 本文介绍使用python ovito模块计算不原子间rdf的方法。 在以前专栏文章中,介绍过python ovito计算rdf的方法,使用到的命令为CoordinationAnalysisModi
分子动力学后处理自编程系列(4)---氢键统计 1、编程思路2、计算步骤(1) 读取dump文件(2) 几何判断参数设置(3) 选出形成氢键相关的O和H原子(4) 选出每个donor的acceptor(5) 氢
写在前面 好好学习,走出宿舍,走向毕设! 一些心路历程记录,很少有代码出现 因为鬼知道哪条代码到时候变成毕设的一部分了咧,还是不要给自己的查重挖坑罢了 23.2.22 今儿收获挺多,所以就把上一个LOG给发了,再建了一
大家好,我是小马老师。 本文介绍避免lammps弛豫出错的一个方法。 在lammps模拟中,原子的移动速度不能太大,如果在一个timestep内移动距离过大,容易造成模拟出错。 “bond atoms missing”
大家好,我是小马老师。 本文介绍lammps粗糙界面建模的一个小技巧。 在润湿、流体或者吸附等模拟中,可能会考虑粗糙界面对模拟过程的影响。 粗糙界面建模方法有很多,在之前的推文中也介绍过几种方法,本文介绍另外一种方法。
大家好,我是小马老师。 本文介绍atomsk孪晶多晶建模方法。 atomsk多晶建模的原理是先建立一个晶胞,然后编写一个polycrystal.txt文件,设定最终模型的尺寸和晶粒的个数。 atomsk按照晶粒个数随机
大家好,我是小马老师。 本文介绍lammps模拟结合能的案例代码。 分散的原子之所以能构成稳定的晶体,是因为原子之间存在一种将原子或分子结合在一起的力。 原子在结合成稳定晶体的过程中,所释放出来的能量,称为晶体的结合能
1.氢键介绍 氢原子与电负性大的原子X以共价键结合,若与电负性大、半径小的原子Y(O F N等)接近,在X与Y之间以氢为媒介,生成X-H…Y形式的一种特殊的分子间或分子内相互作用,称为氢键。当然X与Y可以是同一种类分子,如水分子之间的氢键;也可以是不同种类分子,如一水合氨分子(NH3·H2O)之间的氢键。氢键的本质就是强极性键(A-H)上的氢核与电负性很
大家好,我是小马老师。 本文分享Simon Gravelle最新案例:lammps模拟水溶液环境中的聚乙二醇(PEG)拉伸。 lammps模拟拉伸通常有两种方法:fix deform拉伸和速度拉伸,这两种方法多用于盒
具有gui界面的MS虽然上手和操作更为简单,但是灵活性不如代码的方式。利用代码可以对lammps的输出文件进行更加灵活的数据分析。或是建立更为复杂的模型。 例如,我们可以先用MS建立起聚氨酯分子链的data文件,然后进一步的使用代码对聚氨酯中的位点进行成键交联。 因此,掌握一种编程语言对于分子动力学的建模和分析是十分必要的。 本次先从最基础的入手
石墨烯具有优良的力学性能,少量的石墨烯掺杂到其他材料中能够较大幅度的提高基体的力学性能。 石墨烯和金属的复合物(如Al、Cu)也是近年来的研究热点,每年发表的相关论文也很多。 这篇推文主要复现单晶Al中插入一层石墨烯
实验目的 搭建MPI并行计算环境在此基础上运行LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)一个示例比较单机运行和分布式运行的效率 实验
20220823 By Junwu Chen at EPFL 编译lammps的具有恒电势计算功能的版本,采用LAMMPS-CONP2(或者说LAMMPS-USER-CONP2)软件包,开发者有视频介绍。 官网相关介绍:
好看的云图对我们论文的质量有着至关重要的影响,lammps中如下图lammps仿真过程通过输出温度数据、用origin绘制的的温度分布云图: 在分子动力学仿真过程中,云图的应用较多,如做力学性质的常常需要绘制应力应变云图,做热力学性质的常常需要绘制温度云图,但大致绘制思路基本一致,均是根据有限元的思想,将整个系统划分为若干个块,每个