学术速运|mdbuilder:一个用于分子动力学模拟准备的pymol插件-爱代码爱编程
题目:MDBuilder: a PyMOL plugin for the preparation of molecular dynamics simulations
文献来源:Briefings in Bioinformatics, 2023, 1–7
代码:https://github.com/HuiLiuCode/MDBuilder
简介:提供分子动力学(MD)模拟包的预处理初始文件极大地影响了模拟的结果。然而,流行的MD仿真软件包在很大程度上取决于用户在准备MD仿真系统时的经验。在这项工作中,作者提出了一个易于使用的工具MDBuilder,这是一个PyMOL插件,可以帮助研究人员为多个流行的MD模拟包构建初始结构。DBuilder不仅是通过提供一个面向菜单的、指向和点击的用户图形界面(GUI)来帮助MD初学者克服陡峭的学习曲线,而且还提供了另一种方法来为一些高度可伸缩的基于CHARMM力场的MD模拟包准备输入文件。独立于平台的GUI是使用Python语言作为PyMOL插件实现的,并且已经在Windows和Linux平台上进行了测试。
主要内容: