代码编织梦想

kegg数据库更新了,导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错

报错信息如下:

--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL…

经过查询,发现是因为KEGG数据库的API更新了,详见:https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

经过Y叔连夜修改,clusterProfiler等相关分析包已经修改了

大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命令,把包更新下,或者重新安装。

以下是安装方式

1.本地安装,把相应的包下载在本地,通过本地安装的方式安装

install.packages('~/biof/clusterProfiler_4.6.1.tgz',repos = NULL, type="source")
install.packages('~/biof/DOSE_3.24.2.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/GOSemSim_2.24.0.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/HDO.db_0.99.1.tar.gz',repos = NULL,type = 'source')`

2.在线安装

devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/HDO.db")
devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')

因为这些包环环相扣,互相依赖,最好包都更新。

如果出现以下提示,请输入1,让他全部更新

Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates:

如果大家有困难,可以私聊关注此微信公众号biofsci,回复kegg,可远程帮忙解决。

KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个综合性的生物信息学数据库,旨在整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等多种高通量生物学数据,为生物学研究提供全面的数据支持和基础知识。KEGG数据库主要包括以下内容。

KEGG数据库提供了基于网络的数据可视化和交互式工具,方便用户进行数据分析和挖掘。此外,KEGG数据库还提供了丰富的生物信息学工具和服务,如基因注释、代谢通路预测、差异表达分析等,为生物学研究提供了重要的支持。

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数据仓库工程师的工作职责的相关介绍-爱代码爱编程

1. BI 开发工程师的工作内容是什么? BI开发工程师(Business Intelligence Developer)是负责设计和开发企业级BI系统的专业人员。他们的主要工作是从多个数据源中提取、转换、加载和分析数据,以支持企业决策。以下是BI开发工程师的一些典型工作内容: 数据仓库设计和维护:设计和构建数据仓库,包括数据模型、ETL流程